Mutta Muhammad Ali yritti myös tuhota Mamluksin perinnön. Hän tuhosi kokonaan rakennuksensa Kairon linnoituksessa ja alkoi rakentaa omia. Vuonna 1816 hänen rakas poikansa Ahmed Tusun-Pasha kuoli, ja tämä moskeija päätettiin rakentaa muistiinsa.
Tusun Pasha oli aktiivinen sotilasjohtaja, hän johti Egyptin armeijaa Arabian niemimaan kampanjassa vuonna 1811 ja saavutti täydellisen voiton Wahhabista. Muhammad Ali näki seuraajansa Tusun Pasassa.
Vuonna 1816 Tusun Pasha kuoli lähellä Birinbalin kylää Egyptissä. Oletettavasti kuolinsyy oli sairaus joidenkin lähteiden mukaan - rutto. Hänen laadukkaita kuvia ei ole säilytetty, ja vasemmalla näet itsensä Egyptin Muhammad Aliin muotokuvan.
Ainoastaan lahjakkaan perillisen äkillinen kuolema vain 22-vuotiaana on edelleen epäilyttävä ja se on syynä historiallisiin tutkimuksiin. Lisäksi Tusun Pasha ei ollut Mahammed Aliin vanhin poika, vaan vain toiseksi vanhin. Luonnollisesti monet historioitsijat epäilevät vanhin poika Ibrahim Pasha Tusun-Pashan kuolemasta.
Moskeija oli omistettu Tusun Pashan muistolle, ja ranskalainen arkkitehti Pascal Coste kutsuttiin suunnittelemaan rakennusta. Muhammad Ali oli hyvin kiinnostunut kaikesta eurooppalaisesta, erityisesti tuolloin Egyptissä, siellä oli paljon ranskalaisia, he kouluttivat armeijan, harjoittivat arkeologiaa, rakensivat rakennuksia eurooppalaiseen tyyliin.
Pascal Costa ehdotti rakennusta Egyptin perinteiseen tyyliin, joka ei sovi Muhammad Ali. Muista, että hän yritti kaikin keinoin tuhota Mamluksin perinnön. Uusi pääarkkitehti nimitettiin Yusuf Bushnakiksi Istanbulista.
Hän suunnitteli rakennuksen jo ottomaanien tyylillä, ottamalla mallin Istanbulin moskeijasta. Eri lähteiden mukaan prototyyppi oli joko Sininen moskeija tai Istanbulin uusi moskeija.
Rakentaminen alkoi vuonna 1830 ja jatkui vuoteen 1848 saakka - Mohammed Aliin kuolemaan asti. Rakentaminen on selvinnyt vielä kaksi Egyptin hallitsijaa - Ibrahim Pasha ja Abbas Pasha ja päättyivät vain Said Pashan hallinnon aikana vuonna 1857. Rakentamisen päätyttyä vuonna 1857 Muhammad Ali -laitos siirrettiin täällä.
Kävi ilmi, että moskeija rakennettiin 1830–1857 - pitkäaikainen rakentaminen 27 vuotta ja tänä aikana Egyptin neljä hallitsijaa muuttui.
Lisäksi Muhammad Aliin moskeija oli yli 150 vuotta ilman erityisiä tapahtumia. Vasta vuonna 1931 pääkupolissa havaittiin ongelmia, ja se oli täytynyt siirtyä kokonaan, mikä kesti kaksi vuotta. Vuodesta 1937-1939 moskeijan sisustus muuttui täysin. Vuonna 1980 toteutettiin laajamittainen kunnostus.
Kulttuurinen ja historiallinen merkitys
Monet lukijat saattavat ajatella, että Muhammad Ali halusi miellyttää turkkilaisen sulttaanin rakentamalla Egyptin tärkeimmän moskeijan ottomaanien tyyliin. Se on juuri päinvastainen. Muhammad Ali: n moskeijalla on kaksi minarettia, ja ottomaanien valtakunnan lakien mukaan kukaan ei voinut rakentaa moskeijaa, jossa oli kaksi tai useampia minareetteja, lukuun ottamatta itse sulttaania.